Przedział pasażerski pojazdu Toyota Yaris Cross pozostał stabilny w próbach zderzenia czołowego. Odczyty z manekinów wykazały dobrą ochronę kolan oraz ud, zarówno kierowcy jak i pasażera. Konstrukcja deski rozdzielczej stwarza zagrożenie dla kolan i ud u osób o odmiennej posturze, siedzących w różnych pozycjach. Ochrona klatki piersiowej kierowcy została oceniona jako marginalna. Analiza bariery, z którą zderzyła się Toyota, wykazała, że Yaris Cross byłby łagodnym partnerem podczas kolizji. Odczyty z manekinów wykazały, że podczas zderzenia ze sztywną barierą, na całej szerokości pojazdu, zapewniono dobrą lub odpowiednią ochronę wszystkim krytycznym obszarom ciała, zarówno kierowcy jak i pasażera z tyłu. W próbie bocznego zderzenia z barierą oraz w próbie bocznego uderzenia w słup, ochrona wszystkich krytycznych obszarów ciała była dobra, a pojazd uzyskał maksymalną liczbę punktów w tej części oceny. Yaris Cross został wyposażony w środkową poduszkę powietrzną, która łagodzi obrażenia między pasażerami podczas zderzeń bocznych. Testy poduszki wypadły dobrze, zapewniając dobra ochronę. W ocenie ochrony przed wypadnięciem manekina (jego ruch w kierunku drugiej strony pojazdu), w przypadku zderzenia bocznego, ochrona została oceniona jako marginalna. Próby przeprowadzone na przednich siedzeniach i zagłówkach, wykazały dobrą ochronę odcinka szyjnego kręgosłupa w przypadku uderzenia w tył pojazdu. Geometryczna ocena tylnych siedzeń, również wykazała dobrą ochronę odcinka szyjnego kręgosłupa. Toyota Yaris Cross w standardzie została wyposażona w system automatycznego uruchamiania hamulca natychmiast po kolizji, pozwala to zapobiec wtórnym uderzeniom. Samochód ten wyposażony jest również w zaawansowany system eCall, który ostrzega służby ratunkowe w przypadku poważnego wypadku.
Zarówno w próbie zderzenia czołowego, jak i w próbie bocznego zderzenia z barierą, Yaris Cross zapewniał dobrą lub wystarczającą ochronę wszystkich krytycznych obszarów ciała dla obu manekinów (6 i 10 latka). Poduszka powietrzna przedniego pasażera może zostać dezaktywowana, aby umożliwić użytkowanie na tym miejscu fotelika w pozycji przeciwnej do kierunku jazdy. Do kierowcy dociera czytelna informacja dotycząca stanu poduszki powietrznej, w związku z czym system został doceniony. Wszystkie typy fotelików, dla których Yaris Cross został zaprojektowany, mogą zostać prawidłowo umiejscowione i zainstalowane w samochodzie.
Ochrona zapewniona przez maskę dla głowy potrąconego pieszego była dobra w prawie wszystkich testowanych miejscach, poza podstawą przedniej szyby oraz słupkami szyby czołowej, gdzie ochrona była słaba. Zderzak zapewniał dobrą ochronę nóg pieszego, natomiast ochrona miednicy była również dobra, dzięki czemu Yaris Cross otrzymał maksymalną liczbę punktów. System AEB jest zdolny do wykrywania niechronionych użytkowników drogi, takich jak piesi i rowerzyści oraz innych pojazdów. W testach Euro NCAP reakcja systemu na pieszych została oceniona jako dobra, natomiast reakcja na rowerzystów była odpowiednia.
Toyota Yaris Cross została wyposażona w system przypominania o zapięciu pasów bezpieczeństwa, w tym wykrywanie pasażerów na przednich i tylnych siedzeniach. System monitorowania zmęczenia kierowcy monitoruje ruchy kierownicy, dzięki czemu jest w stanie wykryć zachowanie charakterystyczne dla zmęczenia. System AEB (autonomiczne hamowanie awaryjne) wypadł dobrze w reakcji na inne samochody. System wspomagania prędkości zapewnia ogranicznik prędkości ustawiony przez kierowcę. System utrzymania pasa ruchu delikatnie koryguje tor jazdy w momencie, w którym zjeżdża on z pasa ruchu, a także interweniuje w bardziej krytycznych sytuacjach, zatrzymując pojazd, aby uniemożliwić zjechanie z drogi.