7 lat po wprowadzeniu modelu na rynek i 4 lata po przeprowadzeniu pierwszej modernizacji, Toyota zdecydowała się w 2012 roku na drugi restyling Aygo. "Maluch" z Kraju Kwitnącej Wiśni doczekał się tym samym odświeżonego wyglądu zewnętrznego (przeprojektowano pas przedni, ponownie wyprofilowano maskę i wprowadzono nowe felgi), poprawionego wnętrza (zastosowano zmienioną deskę rozdzielczą, nową kierownicę i dodatkowe elementy wyposażenia) oraz udoskonalonego 1-litrowego silnika benzynowego (obniżono jego spalanie do 4,4 l/100 km).