Druga i ostatnia generacja modelu debiutowała w 1998 roku. Pod względem stylistycznym Xantia nieznacznie różniła się od swojej poprzedniczki. Zmiany objęły m. in. kształt przednich i kolor tylnych lamp, zderzaki, którym nadano bardziej opływowe kształty oraz atrapę chłodnicy, która została zintegrowana z maską. Choć produkcja modelu oficjalnie zakończyła się w 2001 roku (w tym samym roku przedstawiono następcę Xantii, Citroena C5), jeszcze w ubiegłym roku Xantię wytwarzano w Iranie (na licencji sprzedanej firmie Saipa).
