W ofercie nowego Audi A6 znaleźć można cztery silniki . Pośród benzynowych jednostek dostępna jest trzylitrową, turbodoładowaną V-szóstka o mocy 340 KM i oferująca 500 Nm maksymalnego momentu obrotowego.
Wśród jednostek wysokoprężnych do wyboru są dwie V-szóstki. Silnik 3.0 TDI, o mocy 286 KM generujący 620 Nm momentu obrotowego. Jednostka oznaczona 45 TDI, o pojemności trzech litrów, generuje moc 231 KM i moment obrotowy 500 Nm. Najsłabszy w ofercie to rzędowy silnik czterocylindrowy o oznaczeniu 40 TDI i mocy 204 KM, moment obrotowy generowany przez jednostkę wynosi 400 Nm.
Obie jednostki wysokoprężne V6 współpracują z ośmiostopniową, automatyczną skrzynią biegów Tiptronic, a jednostka benzynowa (3.0 TFSI) i najsłabszy diesel są standardowo oferowane z siedmiostopniową przekładnią automatyczną S-tronic. Wszystkie jednostki trzylitrowymi występują standardowo dostępne ze stałym napędem na cztery koła Quattro.
Technika mild-hybrid objęła wszystkie wersje silnikowe. Te o sześciu cylindrach opierają się na sieci pokładowej 48V, czterocylindrowe pozostały przy instalacji 12V. W obu przypadkach za dostarczanie energii do układu odpowiada alternator-rozrusznik RSG, współpracujący z akumulatorem litowo-jonowym. Dzięki niemu Audi A6, jadące z prędkością od 55 do 160 km/h, może „żeglować” przy wyłączonym silniku, oszczędzając paliwo.