Produkcja trzeciej generacji modelu (symbol B3) rozpoczęła się w 1986 roku. Auto otrzymało zupełnie nowy, aerodynamiczny wygląd. Zwiększyły się również jego rozmiary, zaś nadwozie zostało galwanicznie zabezpieczone przed korozją. W 1987 roku zaprezentowano luksusową wersję 90, której produkcja została definitywnie zakończona w roku 1991. W tym samym roku zakończyła się również kariera Audi 80 B3. Zanim do tego doszło, w 1990 roku oba modele (80 i 90) zostały poddane gruntownej modernizacji. W 1987 roku Audi 80 B3 zajęło drugie miejsce w konkursie na Europejski Samochód Roku.